Заявление об освобождении от НДС подано несвоевременно

Право на освобождение от НДС существует вне зависимости от того, что само заявление об освобождении от НДС подано несвоевременно.  

Отступное и НДС

Должник, предоставивший отступное в целях прекращения обязательств по договору займа, обязан исчислить налог на добавленную стоимость с этой реализации, а кредитор вправе принять налог к вычету.

Деятельность, направленная на получение дохода

...расходами признаются любые затраты, если они произведены для осуществления деятельности, направленной на получение дохода.

... обоснованность расходов, учитываемых при расчете налоговой базы, должна оцениваться с учетом обстоятельств, свидетельствующих о намерениях налогоплательщика получить экономический эффект в результате реальной предпринимательской или иной экономической деятельности. При этом речь идет именно о намерениях и целях (направленности) этой деятельности, а не о ее результате. Вместе с тем обоснованность получения налоговой выгоды, как отмечается в том же Постановлении, не может быть поставлена в зависимость от эффективности использования капитала.

Постановление Пленума ВАС РФ от 12.10.2006 N 53 "Об оценке арбитражными судами обоснованности получения налогоплательщиком налоговой выгоды"